Kegiatan intrakurikuler merupakan kegiatan pembelajaran secara tatap muka. Pada kegiatan intrakurikuler terjadi interaksi langsung antara murid dan guru dengan berbagai strategi belajar. Kegiatan pembelajaran intrakurikuler dirancang agar anak dapat mencapai kemampuan yang tertuang di dalam capaian pembelajaran mata pelajaran dan muatan lokal.

Kegiatan intrakurikuler di SMP Negeri 1 Leksono dilaksanakan secara reguler. Setiap pembelajaran dilakukan terpisah antara satu mata pelajaran dengan mata pelajaran lainnya. Tatap muka dilakukan secara reguler setiap minggu, dengan jumlah jam tatap muka sesuai dengan struktur kurikulum yang ditetapkan oleh  pemerintah.

Mata pelajaran wajib terdiri dari Pendidikan Agama dan Budi Pekerti, Pendidikan Pancasila, Bahasa Indonesia, Matematika, IPA, IPS, Bahasa Inggris, PJOK, dan Informatika. Sedangkan mata pelajaran pilihan terdiri dari Seni Budaya atau Prakarya. Selain itu, terdapat pula muatan lokal yaitu Bahasa Jawa dan Muatan Lokal Khas Kabupaten Wonosobo yang diintegrasikan pada mata pelajaran Seni Budaya (Tari Daeng) dan Prakarya (Pengolahan Bahan Pangan Serealia).